Le resistenze dei conservatori erano un sufficiente motivo per far temere a Gorbačëv un rovesciamento, ma non era l'unico.

La corrente radicale del PCUS, guidata da Boris Eltsin, stava guadagnando sempre più consensi mentre le diverse etnie e nazionalità unite forzatamente nell'Unione iniziarono a reclamare con forza l'indipendenza.

Dopo il crollo del muro di Berlino (1989) Lituania e Lettonia arrivarono a proclamare l'indipendenza l'11 ed il 4 maggio 1990, e Gorbačëv, che dapprima tentò di ostacolare il governo lituano tagliando i rifornimenti di petrolio e gas naturale (17 aprile 1990), ordinò l'intervento dell'esercito (gennaio 1991). Tra le sue mani aveva però un Paese che si stava velocemente frantumando. Giunse così alla decisione di riformare l'URSS rendendola uno Stato presidenziale, ottenendo l'approvazione del Soviet supremo nel febbraio del '90 ed assumendone lui stesso la presidenza il 15 marzo.

Nel corso del 28° Congresso del PCUS Gorbačëv fu rieletto segretario generale, con l'opposizione dei conservatori, vedendo contemporaneamente crearsi una nuova formazione politica. La corrente radicale di Eltsin, già esonerato dalla presidenza della segreteria di Mosca nel 1987 e poi espulso dal Politburo per opera dei conservatori, diventò partito, e la sua uscita dal PCUS prima e la presidenza della Repubblica Russa dopo ne avrebbero fatto l'avversario numero uno di Gorbačëv.