Gli scienziati che lavorarono al progetto ed assistettero all'esplosione, pur aspettandosi un'incredibile potenza dalla loro creazione, rimasero sconcertati, mentre i generali americani, anch'essi sorpresi dalle potenzialità della nuova arma, si sfregarono le mani. Il generale Groves, parlando della bomba al parigrado Farell arrivò ad affermare: «La guerra è finita. Uno o due di questi affari, e il Giappone è sbrigato». Il 6 agosto 1945 la bomba all'uranio "Little Boy" rade al suolo la città di Hiroshima, il 9 "Fat Man", costruita con plutonio sul modello di quella di Alamogordo e innescata da esplosivi chimici, distrugge Nagasaki.

Le fasi precedenti allo stesso test di Alamogordo, che precedeva il lancio delle bombe sul Giappone già deciso da Truman, avevano già visto formarsi un fronte di ricercatori, guidati da Leo Szilard, contrari all'impiego bellico dell'atomica: per sensibilizzare il presidente, sottoscrissero una petizione, che però venne anticipata dalla decisione di un comitato politico-militare di cui facevano parte quattro dei maggiori scienziati del progetto Manhattan, compresi Fermi ed Oppenheimer.