Dopo l'utilizzo su Hiroshima e Nagasaki, che in totale causarono circa 200.000 vittime, anche Fermi ed Oppenheimer furono tormentati dai rimorsi. Il primo, che pur aveva ritenuto necessaria la bomba per evitare ulteriori vittime, rifiutò inizialmente a collaborare al progetto per la nuova bomba all'idrogeno che il fisico Edward Teller aveva iniziato a studiare, mentre Oppenheimer rifiutò anch'egli la collaborazione al progetto.

Quest'ultimo divenne però vittima di accuse diffamatorie che lo costrinsero a lasciare nel 1954 la presidenza della commissione consultiva sull'energia atomica. Lo si accusava nello specifico di simpatizzare per il Partito Comunista, in un periodo di diffuso maccartismo, di aver ostacolato i progetti a cui aveva collaborato e di passare importanti informazioni alle potenze straniere. Seppur assolto, Oppenheimer, che trascorse gli anni seguenti quasi in ritiro, fu riabilitato soltanto nel 1963, quando fu insignito del premio Fermi.